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Bien que l'électricité produite par les éoliennes ait un impact très faible sur l'environnement (s'il y a lieu), l'installation elle-même peut affecter la flore et la faune locales. Dans certains cas, une installation peut déclencher le besoin d'une évaluation environnementale. 
En général, les éoliennes ne présentent pas de danger pour la faune. Le bétail ne refuse pas de paître ou de brouter près des éoliennes, et un espace suffisant entre les pales et le sol évite le risque de blessures causées aux animaux terrestres (y compris l'homme). Concernant la faune aviaire, vous avez peut-être entendu parler de rapports indiquant que les turbines peuvent présenter une menace pour les oiseaux et les chauves-souris. Il est vrai que les oiseaux peuvent être blessés ou tués s'ils se cognent contre les pales ou la tour, et que leurs habitudes d'accouplement, de construction de nids et d'alimentation pourraient être affectées. Cependant, ces impacts peuvent être évités en choisissant un bon emplacement pour l'éolienne, et il y a très peu de preuves que de simples installations ou des groupes réduits de turbines éoliennes de petite puissance tuent les oiseaux en grand nombre. En fait, on a montré que les animaux domestiques, les pesticides et les bâtiments à bardage en verre, tuent beaucoup plus d'oiseaux que les turbines éoliennes (voir le graphique à droite; Source : Erickson, et. al, 2002. « Summary of Anthropogenic Causes of Bird Mortality »). Pour des informations complémentaires sur les effets des turbines éoliennes de petite puissance sur la faune, voir ces publications du National Wind Coordinating Committee (NWCC) américain.
De nature, les oiseaux locaux évitent les turbines éoliennes en volant autour d'elles, et les oiseaux migrateurs tentent de voler bien au-dessus de la hauteur de l'éolienne. Comme « règle pratique », éviter de choisir un site pour un système éolien dans une région où les oiseaux se concentrent, telle que les refuges fauniques, les côtes et rivages, et les aires de nidification. La turbine et la tour doivent être également conçues de manière à réduire les possibilités pour les oiseaux de s'y percher ou d'y faire leurs nids. Généralement, ce problème ne concerne pas les petits systèmes.